Проект "ЗВ" был прикрыт, сами врата пылились в Шаенской горе, так как считалось, что бомба на Абидосе была взорвана и опасности "с той стороны" уже не предвиделось, но... Неожиданно через врата проходят существа, которые захватили женщину и убили охрану, дежурившую у врат. Генерал Хаммонд посылает за Джеком О`Ниллом, который на тот момент находится в отставке и пытается жить мирной жизнью. Джеку приходится признать, что вопреки отданному приказу, он не уничтожил врата на другой стороне. Принимается решение об отправке команды повторно. Прибыв на Абидос, специально созданная команда SG-1 вновь встречается с Дэниэлом Джексоном, обнаруживает список множества «Врат», разбросанных по Галактике и впервые встречает брата Ра, гоа’улда Апофиса, захватившего жену Дэниэла Ша’ре и её брата Скаару. Дэниэл Джексон возвращается на Землю в надежде найти Шаре.
Внутренний враг - The Enemy Within
Вернувшись с Чулака, майор Ковальски начинает испытывать непонятные головные боли. Потом появлются светящиеся глазки и как положено - агрессия гуаудов. Сканирование выявляет у него нечто, прикреполенное к шейному отделу позвонка. Помогает все прояснить Тилк, который после спасения людей был вынужден уйти к таури. Кстати,понятие "таури" появляется именно в этой серии. Личинка гуауда постепенно овладевает носителем и Ковальски становится опасен для окружающих. Хаммонд принимает решение о проведении операции. Ковальски прощается с друзьями... Врачи извлекают личинку, но.... гуауд успевает проникнуть в головной мозг майора...
Эмансипация /Emancipation
Команда Джека ОНилла попадает на планету, где знакомится с местным населением, живущим по законам древних монголов. В их мире, женщина должна была беспиркословно повиноваться мужчине. Сын вождя Абу похищает Саманту..... чтобы обменять ее на свою возлюбленную. Прекрасная Картер поразила своей красотой вождя местных жителей. Очень непривычно видеть Саманту в этническом костюме вместо военной формы, да и самой Саманте это точно не понравилось....
Первая Заповедь/The First Commandment
Первая заповедь звучит - «Я Господь, Бог твой, Который вывел тебя из земли Египетской, из дома рабства; да не будет у тебя других богов пред лицом Моим». Лидер SG-9 Хансон отправившись на новую планету вдруг возомнил себя богом. Он заставлял жителей планеты подчиняться себе и строить ему дворец, а ослушавшихся выгоняли на солнце, лучи которого были смертельны...
Разделение Брока/The Broca Divide
Новая планета встретила команду новым сюрпризом - одна половина планеты была скрыта во мраке вечной ночи, другая находилась постоянно при свете дня, но с чем еще предстояло встретиться команде Джека ОНилла они и не подозревали. На светлой стороне жили люди приблизительно минойской цивилизации, на темной ее стороне - первобытные люди. Причина такого странного деления людей выяснится позже, когда команда вернется на Атлантис.... и тогда начнется странная эпидемия, которая начнет превращать команду и весь персонал города в дикарей. Как окажется позже, подобная "дикость" вызывается инфекцией, вызывающей синдром Брока. Джек довольно правдоподобно сыграл симптомы. В этом эпизоде появляется впервые Джанет Фрейзер.